AptanaStudio3で’Folder xxxx/xxxx is not empty’のエラーでプロジェクトが作成できない現象がすこし前からでる 用になっていたのでなぜかとらべてみて解決出来ました。
(※明らかにフォルダーはあるが、新規プロジェクトではダメな様子。)

既存のフォルダが既にある場合に、プロジェクトを作成しようとするとエラーが発せする様子です。
以下のとおり[File]メニューの[Import]を選択して、[Existing Folder as New Project] を選ぶとOKでした。