nginx,php-fpm,WordPress,qTranslateXプラグインの組み合わせで発生。
不思議だったのは、大丈夫な場合とNGな場合がありました。

ログ

/var/log/nginx/error.log

を見てみると。

index.php" is forbidden (13: Permission denied)

のようなPermissionエラーが連発している。
ファイル自体は 644のパーミッション、オーナーを試しに nginxの実行ユーザー/グループ(nginx.nginx)にしてもだめ、親フォルダを755にしたら解決。