Mac版のEclipseが起動出来なくなってしまいました。
メッセージを読んでみると、パーミッションがどうたら、起動オプションで動向と書かれているようす。
試しにコマンドラインからルート権限で起動すると普通に立ち上がる、ファイルのパーミッションのようです。

% cd /Applications/eclipse/configuration/org.eclipse.osgi
% sudo chown -R (ユーザ名) .manager

と、無理やりパーミッションを実行ユーザに与えてみると、的中で普通に立ち上げる事ができました。
Eclipseをしばらく触らなくなる事が少なくないので、とりまメモ。
※この対処は正しい物じゃないかもです。のであしからず。

追記：
ちなみにこちらのサイトによると
http://linuxtoolkit.blogspot.jp/2010/07/users-encountering-invalid.html
設定を帰るといいよ的な事が、「To solve the issue, you simply have to initiate a flag “-configuration” and point the location to your home directory」
ありました。