MySQL Workbench 5.2.34
初期設計のER図作成はこれに限るね。
MySQLWorkbench

Mysqlの初期設計で重宝してます。
GUIでテーブル設計ができるのでデータの流れが分かりやすかったり、
1画面で全体の関連が確認できます。
MySQLWorkBench
いつもは、これで概略設計してDB一式作成。
その後は、PHPMyAdminと、モデルのコーディングを行ったり来たりしながら、
どんどんブラッシュアップしていきます。
完成後のデータベース設計書などをまとめる際には、
PHPMyAdminからExcelにコンバートするほうがおすすめ。
(MySQLWorkbenchからでも出力できるようなのですが、英語だけかも、、)