通常の場合だと。
/www/ドメイン名/.htaccess を作成し以下記述
Action myphp-script /php.cgi
AddHandler myphp-script .php
として /www/ドメイン名/php.cgi を作成しパーミッションを755とかにして以下を記述
#!/bin/sh
exec /usr/local/bin/php-cgi
#exec /usr/local/php/5.4/bin/php-cgi
#exec /usr/local/php/5.3/bin/php-cgi
#exec /usr/local/php/5.2/bin/php-cgi
#exec /usr/local/php/4.4/bin/php-cgi
とすればうまくいくけど mod_rewrite の絡みでうまくいかなかったので、.htaccessへの記述とphp.cgiを/www/ドメイン名/app/webroot/以下に移動するとうまくいきました。
/www/ドメイン名/app/webroot/.htaccess
Action myphp-script /php.cgi
AddHandler myphp-script .php
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteRule ^(.*)$ index.php [QSA,L]
</IfModule>
/www/ドメイン名/app/webroot/php.cgi
#!/bin/sh
exec /usr/local/bin/php-cgi
#exec /usr/local/php/5.4/bin/php-cgi
#exec /usr/local/php/5.3/bin/php-cgi
#exec /usr/local/php/5.2/bin/php-cgi
#exec /usr/local/php/4.4/bin/php-cgi
(2行目のデフォルトのバージョンをコメントアウトして、使いたいバージョンの行のコメントアウトを外す感じで。)